银行POS机与第三方公司POS机的区别有以下几点：

1. 适用对象：银行POS机主要面向企业和对公账户办理，个人无法办理；而第三方支付公司的POS机相对较为灵活，可以适用于个人和企业，对私户也可以到账。

2. 资金进入方式：银行POS机的资金进入对公账户，会产生相关税收；而第三方支付公司的POS机可以将资金直接进入私人账户，更方便个人消费者使用。

3. 取款方式：银行对公户的取款需要开支票去柜台取钱，相对不够便捷；而第三方支付公司的POS机使用者可以通过银行卡提现或转账操作。

4. 办理手续和时间：银行办理POS机的手续相对繁琐，需要提供较多的资料，办理周期较长，一般需要15个工作日以上；而第三方支付公司POS机的办理手续较为简便，通常当天即可获得机器。

5. 年费和服务质量：银行POS机一般会收取一定的年费，而第三方支付公司的POS机通常没有年费，并且提供的服务质量较好。